La Flota Presidencial Argentina estará bajo la órbita del Ministerio de Defensa.

A través de un decreto particular, el 514/2025, el cual fue difundido recientemente en el Boletín Oficial, se oficializó la integración de todos los medios y estructuras de la Flota Aérea Presidencial a la cartera de Defensa, estableciendo una unidad  para su gestión.